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《Nature》連發(fā)兩文!兒童癌癥基因組研究迎來大突破!
時(shí)間:2018-03-05 13:28:25 來源:轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)網(wǎng) 點(diǎn)擊:
      Hopp-Children癌癥中心的Gröbner等人對961名癌癥患者進(jìn)行泛癌癥基因組分析,這些患患有24種不同的腫瘤。另外,St.Jude兒童研究醫(yī)院的Ma教授等人在1699名兒童癌癥患者中取得了腫瘤樣本與健康組織的樣本,并使用了多種下一代測序技術(shù),尋找兩者基因組中存在的不同。這些兒童患者患有6種不同的癌癥,具有很好的代表性。這兩項(xiàng)研究詳細(xì)地指出了兒童和成人癌癥基因組間的關(guān)鍵性差異。

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兒童癌癥突變率少于成人

       首先,研究人員發(fā)現(xiàn)兒童癌癥的基因突變和結(jié)構(gòu)變異少于成人癌癥。Gröbner等人的報(bào)告中指出了未成年的突變率比成人癌癥低14倍。Gröbner等人與Ma等人均發(fā)現(xiàn)兒童癌癥基因組中的突變總數(shù)與年齡有顯著相關(guān)性,這與細(xì)胞會隨著年齡增長而積累突變的觀點(diǎn)一致。

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Ma等人的研究中兒童癌癥體細(xì)胞的突變率

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Gröbner等人的研究中兒童癌癥體細(xì)胞的突變率

 

兒童癌癥由單個(gè)驅(qū)動(dòng)基因引起

      其次,研究人員指出兒童通常由單個(gè)驅(qū)動(dòng)基因引起。Gröbner及其同事分析的癌癥基因組中57%攜帶單個(gè)驅(qū)動(dòng)突變,而且,父母遺傳并存在于身體所有細(xì)胞中的種系突變是兒童癌癥的致病因素,7.6%的癌癥與可檢測的種系突變相關(guān)。

      此外,兒童癌癥基因組中多含有突變或結(jié)構(gòu)變體之一,而非二者的混合物。Ma和他的同事從結(jié)果中也注意到,兒童患者的主要致癌因素是拷貝數(shù)異常,或是DNA結(jié)構(gòu)的改變。這些因素占到了62%,高于大家普遍認(rèn)為的DNA點(diǎn)突變。從機(jī)理上看,拷貝數(shù)異常會讓患者產(chǎn)生過多或過少的特定基因,而DNA結(jié)構(gòu)改變則會造成基因的重排。

在針對結(jié)構(gòu)變體表征的癌癥研究中,研究人員還觀察到了DNA修復(fù)途徑的種系突變。這些差異突出了兒童與成人不同的癌癥發(fā)生的潛在機(jī)制。

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Gröbner等人的研究中兒童癌癥的種系突變

兒童癌癥基因更易突變

      再者,與成人癌癥基因相比,兒童基因更容易發(fā)生突變。Gröbner及其同事發(fā)現(xiàn)成人癌細(xì)胞內(nèi)只有30%與成人癌癥重疊的突變基因,Ma和他的同事在癌細(xì)胞中也只發(fā)現(xiàn)了45%。這就提示,兒童癌癥基因組中存在驅(qū)動(dòng)突變的因子,導(dǎo)致兒童基因更易發(fā)生突變。

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Gröbner等人的研究中兒童癌癥與成人癌癥類型相比顯著突變的基因

       從這些分析中收集到的數(shù)據(jù)對兒童癌癥精確醫(yī)學(xué)的發(fā)展具有啟示意義。

      另外,Gröbner等人發(fā)現(xiàn)約50%的腫瘤可以通過臨床或正在開發(fā)的藥物進(jìn)行靶向基因組改變,同時(shí)還提供了特異性改變兒童腫瘤的設(shè)計(jì)方案。此外,這些研究還提高了兒科腫瘤學(xué)家對生殖突變的重視。盡管這些研究提供了有價(jià)值的見解,但仍需大量工作才能有更精確更令人滿意的結(jié)果誕生。

      目前,Gröbner及其同事還無法確定其研究的部分腫瘤是否存在驅(qū)動(dòng)突變,而且也沒有足夠的樣本來檢測罕見突變,因此需要持續(xù)的協(xié)作和數(shù)據(jù)共享來收集足夠的腫瘤信息。此外,兩各研究組都鑒定出了結(jié)構(gòu)變異,因而需要全基因組測序來檢測編碼區(qū)域外的驅(qū)動(dòng),才能為大型兒童腫瘤的進(jìn)一步分析工作鋪平道路。

參考資料:

1.Susanne N. Gröbner,et al.The landscape of genomic alterations across childhood cancers.Nature.28 February 2018

2. Xiaotu Ma, et al.Pan-cancer genome and transcriptome analyses of 1,699 paediatric leukaemias and solid tumours..Nature.28 February 2018

3. Landscapes of childhood tumours

4.Genome studies unlock childhood-cancer clues

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