乳腺癌易感基因(breast cancer susceptibility gene，BRCA)是重要的抑癌基因，包括BRCA1和BRCA2。BRCA1/2基因是評估乳腺癌、卵巢癌和其他相關(guān)癌癥發(fā)病風(fēng)險的重要生物標(biāo)志物，也是影響患者個體化治療方案選擇的生物標(biāo)志物，所以BRCA檢測具有重要的臨床意義。
BRCA基因檢測難度較大，沒有熱點變異，變異遍布于2個基因的全長。國內(nèi)對于BRCA基因檢測一般采用下一代測序(next generation sequencing, NGS)的方法，但目前尚無統(tǒng)一的檢測流程與標(biāo)準(zhǔn)。為建立基于NGS技術(shù)的BRCA基因檢測的方法學(xué)標(biāo)準(zhǔn)以及規(guī)范臨床檢測操作，中華醫(yī)學(xué)會病理學(xué)分會特組織國內(nèi)分子病理學(xué)領(lǐng)域的相關(guān)專家，對BRCA基因檢測流程進(jìn)行討論并達(dá)成共識。
HER2陰性晚期乳腺癌患者和所有新確診以及復(fù)發(fā)的卵巢癌患者進(jìn)行BRCA 基因檢測;對于鉑敏感復(fù)發(fā)的卵巢癌患者，無論是否攜帶BRCA 致病突變都可獲益于PARP 抑制劑治療 ，若需評估遺傳風(fēng)險，可行胚系BRCA 基因檢測，但在檢測前需要專業(yè)人士進(jìn)行遺傳咨詢工作;腫瘤BRCA 基因檢測無需遺傳咨詢。
●建議對于可獲取腫瘤組織的癌癥患者，可進(jìn)行腫瘤組織樣本檢測；對于腫瘤組織不可獲取的癌癥患者和癌癥高風(fēng)險人群，可進(jìn)行胚系BRCA 基因檢測，一般使用血液、唾液、口腔拭子等樣本，目前以血液為主。
●在進(jìn)行濃度和純度測定時，可采用Nanodrop 和Qubit 儀器。采用瓊脂糖凝膠電泳等方法對片段化程度進(jìn)行評估。剩余DNA 建議永久歸檔或至少保留至產(chǎn)生報告時。
●可使用2 種方法對DNA 樣本進(jìn)行文庫制備，即基于擴(kuò)增子的方法和基于雜交捕獲的方法。
●胚系BRCA 基因檢測只需檢測雜合突變或純合突變，理論突變頻率分別為50%或100%，而腫瘤組織BRCA 突變頻率可能很低。
數(shù)據(jù)解讀的標(biāo)準(zhǔn)和規(guī)范以及數(shù)據(jù)解讀和注釋流程中常用數(shù)據(jù)庫可參考《ACMG 和美國分子病理學(xué)會(Association for Molecular Pathology，AMP)序列變異解讀標(biāo)準(zhǔn)和指南(2015 版)》《美國分子病理學(xué)會(AMP) / 美國臨床腫瘤學(xué)會(ASCO) / 美國病理學(xué)家協(xié)會(CAP) 癌癥序列變異解讀和報告的標(biāo)準(zhǔn)和指南(2017 版)》以及《BRCA 數(shù)據(jù)解讀中國專家共識》 。BRCA 基因檢測報告可參考《BRCA 數(shù)據(jù)解讀中國專家共識》 。
（1）編碼提前終止密碼子的序列變異，即BRCA1第1 855位氨基酸和BRCA2第3 309位氨基酸前發(fā)生的無義突變或移碼突變。
（2）發(fā)生在剪切位點即外顯子上下游第一或第二個堿基的變異，但是，需除外經(jīng)預(yù)測或已明確的可產(chǎn)生可能恢復(fù)BRCA1/2基因功能的自然存在的框內(nèi)RNA異構(gòu)體的變異。
（3）拷貝數(shù)缺失變異，該變異導(dǎo)致BRCA1第1 855位氨基酸和BRCA2第3 309位氨基酸前發(fā)生移碼突變，或者該變異移除1個或多個外顯子且不是經(jīng)預(yù)測或已明確的可產(chǎn)生可能恢復(fù)BRCA1/2基因功能的自發(fā)框內(nèi)RNA異構(gòu)體的變異。
（4）任意大小的拷貝數(shù)重復(fù)變異，該變異導(dǎo)致1個或多個外顯子重復(fù)并已被證實會導(dǎo)致BRCA1第1 855位氨基酸和BRCA2第3 309位氨基酸前發(fā)生移碼突變。
（5）體外或體內(nèi)功能研究顯示對基因或基因產(chǎn)物有破壞作用且與腫瘤高危相關(guān)的其他類型變異。
（1）該變異經(jīng)mRNA水平的實驗證實能夠改變剪接，但是不會產(chǎn)生可能恢復(fù)基因功能的自然存在的框內(nèi)RNA異構(gòu)體。
（2）該變異編碼的氨基酸改變與之前定義的5類致病性錯義突變相同，但發(fā)生改變的基礎(chǔ)核苷酸不同，而且既往疾病關(guān)聯(lián)并非由剪接事件所致，并且變異未見于作為對照的外顯子組測序項目（Exome Sequencing Project）、千人基因組計劃（1000 Genomes Project）或外顯子組整合數(shù)據(jù)庫（Exome Aggregation Consortium），或變異位于已確認(rèn)的功能區(qū)。
（3）移除密碼子的小片段框內(nèi)缺失變異，該變異涉及的氨基酸位點已被證實可發(fā)生錯義替換5類變異，且既往疾病關(guān)聯(lián)并非由于剪接事件所致，并且變異未見于作為對照的外顯子組測序項目、千人基因組計劃或外顯子組整合數(shù)據(jù)庫，或變異位于已確認(rèn)的功能區(qū)。
（4）體外或體內(nèi)功能性研究顯示對基因或基因產(chǎn)物有破壞作用的其他類型變異，并且變異未見于作為對照的外顯子組測序項目、千人基因組計劃或外顯子組整合數(shù)據(jù)庫，或者變異位于已確認(rèn)的功能區(qū)。
證據(jù)不足以將其歸類為1、2、4或5類的變異，或證據(jù)與良性和致病性分類相矛盾的變異。
（1）該變異編碼的氨基酸改變與已確認(rèn)的1類良性變異相同，但發(fā)生改變的基礎(chǔ)核苷酸不同，且無證據(jù)表明該變異會導(dǎo)致剪接事件。
（2）個體發(fā)生的胚系變異與已知致病變異在同一基因上呈反式（in trans）排列，且該個體除了BRCA相關(guān)腫瘤外無明顯其他臨床表征。
（1）外顯子組測序項目、千人基因組計劃或外顯子組整合數(shù)據(jù)庫中等位基因頻率>5%的變異。
（2）體外或體內(nèi)功能研究顯示對蛋白質(zhì)功能或剪接無破壞作用的變異。
參考文獻(xiàn)：
1.基于下一代測序技術(shù)的BRCA基因檢測流程中國專家共識.中華病理學(xué)雜志,2018,47(6) :401-406.
2.BRCA數(shù)據(jù)解讀中國專家共識[J]. 中華病理學(xué)雜志, 2017, 46(5).
乳腺癌易感基因(breast cancer susceptibility gene，BRCA)是重要的抑癌基因，包括BRCA1和BRCA2。BRCA1/2基因是評估乳腺癌、卵巢癌和其他相關(guān)癌癥發(fā)病風(fēng)險的重要生物標(biāo)志物，也是影響患者個體化治療方案選擇的生物標(biāo)志物，所以BRCA檢測具有重要的臨床意義。
BRCA基因檢測難度較大，沒有熱點變異，變異遍布于2個基因的全長。國內(nèi)對于BRCA基因檢測一般采用下一代測序(next generation sequencing, NGS)的方法，但目前尚無統(tǒng)一的檢測流程與標(biāo)準(zhǔn)。為建立基于NGS技術(shù)的BRCA基因檢測的方法學(xué)標(biāo)準(zhǔn)以及規(guī)范臨床檢測操作，中華醫(yī)學(xué)會病理學(xué)分會特組織國內(nèi)分子病理學(xué)領(lǐng)域的相關(guān)專家，對BRCA基因檢測流程進(jìn)行討論并達(dá)成共識。
HER2陰性晚期乳腺癌患者和所有新確診以及復(fù)發(fā)的卵巢癌患者進(jìn)行BRCA 基因檢測;對于鉑敏感復(fù)發(fā)的卵巢癌患者，無論是否攜帶BRCA 致病突變都可獲益于PARP 抑制劑治療 ，若需評估遺傳風(fēng)險，可行胚系BRCA 基因檢測，但在檢測前需要專業(yè)人士進(jìn)行遺傳咨詢工作;腫瘤BRCA 基因檢測無需遺傳咨詢。
●建議對于可獲取腫瘤組織的癌癥患者，可進(jìn)行腫瘤組織樣本檢測；對于腫瘤組織不可獲取的癌癥患者和癌癥高風(fēng)險人群，可進(jìn)行胚系BRCA 基因檢測，一般使用血液、唾液、口腔拭子等樣本，目前以血液為主。
●在進(jìn)行濃度和純度測定時，可采用Nanodrop 和Qubit 儀器。采用瓊脂糖凝膠電泳等方法對片段化程度進(jìn)行評估。剩余DNA 建議永久歸檔或至少保留至產(chǎn)生報告時。
●可使用2 種方法對DNA 樣本進(jìn)行文庫制備，即基于擴(kuò)增子的方法和基于雜交捕獲的方法。
●胚系BRCA 基因檢測只需檢測雜合突變或純合突變，理論突變頻率分別為50%或100%，而腫瘤組織BRCA 突變頻率可能很低。
數(shù)據(jù)解讀的標(biāo)準(zhǔn)和規(guī)范以及數(shù)據(jù)解讀和注釋流程中常用數(shù)據(jù)庫可參考《ACMG 和美國分子病理學(xué)會(Association for Molecular Pathology，AMP)序列變異解讀標(biāo)準(zhǔn)和指南(2015 版)》《美國分子病理學(xué)會(AMP) / 美國臨床腫瘤學(xué)會(ASCO) / 美國病理學(xué)家協(xié)會(CAP) 癌癥序列變異解讀和報告的標(biāo)準(zhǔn)和指南(2017 版)》以及《BRCA 數(shù)據(jù)解讀中國專家共識》 。BRCA 基因檢測報告可參考《BRCA 數(shù)據(jù)解讀中國專家共識》 。
（1）編碼提前終止密碼子的序列變異，即BRCA1第1 855位氨基酸和BRCA2第3 309位氨基酸前發(fā)生的無義突變或移碼突變。
（2）發(fā)生在剪切位點即外顯子上下游第一或第二個堿基的變異，但是，需除外經(jīng)預(yù)測或已明確的可產(chǎn)生可能恢復(fù)BRCA1/2基因功能的自然存在的框內(nèi)RNA異構(gòu)體的變異。
（3）拷貝數(shù)缺失變異，該變異導(dǎo)致BRCA1第1 855位氨基酸和BRCA2第3 309位氨基酸前發(fā)生移碼突變，或者該變異移除1個或多個外顯子且不是經(jīng)預(yù)測或已明確的可產(chǎn)生可能恢復(fù)BRCA1/2基因功能的自發(fā)框內(nèi)RNA異構(gòu)體的變異。
（4）任意大小的拷貝數(shù)重復(fù)變異，該變異導(dǎo)致1個或多個外顯子重復(fù)并已被證實會導(dǎo)致BRCA1第1 855位氨基酸和BRCA2第3 309位氨基酸前發(fā)生移碼突變。
（5）體外或體內(nèi)功能研究顯示對基因或基因產(chǎn)物有破壞作用且與腫瘤高危相關(guān)的其他類型變異。
（1）該變異經(jīng)mRNA水平的實驗證實能夠改變剪接，但是不會產(chǎn)生可能恢復(fù)基因功能的自然存在的框內(nèi)RNA異構(gòu)體。
（2）該變異編碼的氨基酸改變與之前定義的5類致病性錯義突變相同，但發(fā)生改變的基礎(chǔ)核苷酸不同，而且既往疾病關(guān)聯(lián)并非由剪接事件所致，并且變異未見于作為對照的外顯子組測序項目（Exome Sequencing Project）、千人基因組計劃（1000 Genomes Project）或外顯子組整合數(shù)據(jù)庫（Exome Aggregation Consortium），或變異位于已確認(rèn)的功能區(qū)。
（3）移除密碼子的小片段框內(nèi)缺失變異，該變異涉及的氨基酸位點已被證實可發(fā)生錯義替換5類變異，且既往疾病關(guān)聯(lián)并非由于剪接事件所致，并且變異未見于作為對照的外顯子組測序項目、千人基因組計劃或外顯子組整合數(shù)據(jù)庫，或變異位于已確認(rèn)的功能區(qū)。
（4）體外或體內(nèi)功能性研究顯示對基因或基因產(chǎn)物有破壞作用的其他類型變異，并且變異未見于作為對照的外顯子組測序項目、千人基因組計劃或外顯子組整合數(shù)據(jù)庫，或者變異位于已確認(rèn)的功能區(qū)。
證據(jù)不足以將其歸類為1、2、4或5類的變異，或證據(jù)與良性和致病性分類相矛盾的變異。
（1）該變異編碼的氨基酸改變與已確認(rèn)的1類良性變異相同，但發(fā)生改變的基礎(chǔ)核苷酸不同，且無證據(jù)表明該變異會導(dǎo)致剪接事件。
（2）個體發(fā)生的胚系變異與已知致病變異在同一基因上呈反式（in trans）排列，且該個體除了BRCA相關(guān)腫瘤外無明顯其他臨床表征。
（1）外顯子組測序項目、千人基因組計劃或外顯子組整合數(shù)據(jù)庫中等位基因頻率>5%的變異。
（2）體外或體內(nèi)功能研究顯示對蛋白質(zhì)功能或剪接無破壞作用的變異。
參考文獻(xiàn)：
1.基于下一代測序技術(shù)的BRCA基因檢測流程中國專家共識.中華病理學(xué)雜志,2018,47(6) :401-406.
2.BRCA數(shù)據(jù)解讀中國專家共識[J]. 中華病理學(xué)雜志, 2017, 46(5).
