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羅氏推出新的測(cè)序軟件包，改善長(zhǎng)讀長(zhǎng)測(cè)序性能
時(shí)間：2012-11-26 13:07:07 來(lái)源：三濟(jì)生物 點(diǎn)擊：
來(lái)自：藥家網(wǎng)
羅氏公司近日宣布推出一款新的軟件包（v2.8），能顯著改善其GS FLX+系統(tǒng)上長(zhǎng)讀取鳥(niǎo)槍法測(cè)序的性能。這一測(cè)序平臺(tái)能帶來(lái)百萬(wàn)個(gè)讀取，其讀長(zhǎng)超過(guò)1000 bp。此次改進(jìn)將讓研究人員發(fā)現(xiàn)更多復(fù)雜的遺傳變異，并揭開(kāi)隱藏在基因組、轉(zhuǎn)錄組和宏基因組樣品中難以測(cè)序的區(qū)域下的生物學(xué)秘密。
羅氏測(cè)序解決方案的總裁Thomas Schinecker表示：“此次最新的軟件發(fā)布代表了GS FLX+ 系統(tǒng)的長(zhǎng)讀取性能在滿足客戶的預(yù)期上又向前邁進(jìn)了一大步。全世界30多個(gè)頂尖的測(cè)序?qū)嶒?yàn)室正在使用我們的新軟件，他們的反饋非常好。”
自GS FLX+系統(tǒng)上市以來(lái)，研究人員已經(jīng)證實(shí)了超長(zhǎng)讀取的價(jià)值，能帶來(lái)更完整的全基因組de novo組裝，出色的全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組分析，以及更好的宏基因組樣品鑒定。新軟件將進(jìn)一步改善這些應(yīng)用的測(cè)序結(jié)果，并為454測(cè)序系統(tǒng)的生物信息學(xué)工具帶來(lái)新的功能改進(jìn)。
RIKEN Omics科學(xué)中心和橫濱市立大學(xué)KIHARA生物研究所的Hiroshi Tarui談道：“我們實(shí)驗(yàn)室利用最新的GS FLX+軟件體驗(yàn)了很棒的結(jié)果。所有測(cè)序指標(biāo)，包括讀長(zhǎng)，都超出了我們的預(yù)期。我們正利用此平臺(tái)開(kāi)展de novo轉(zhuǎn)錄組研究，而長(zhǎng)讀取對(duì)cDNA轉(zhuǎn)錄本的全長(zhǎng)組裝和剪接變體研究很關(guān)鍵。
德國(guó)馬普研究所測(cè)序核心實(shí)驗(yàn)室的主管Bernd Timmermann則表示：“我們的GS FLX+系統(tǒng)正廣泛用于不同煙草株的de novo測(cè)序項(xiàng)目，它實(shí)現(xiàn)了約820 bp的讀長(zhǎng)，而一些運(yùn)行的產(chǎn)量也超過(guò)1 Gb。隨著升級(jí)到v2.8軟件，我們看到所有情況下的平均讀長(zhǎng)均有所改善。在未來(lái)的de novo測(cè)序和宏基因組項(xiàng)目中，我們將繼續(xù)使用GS FLX+系統(tǒng)。”
羅氏還計(jì)劃推出針對(duì)GS FLX+系統(tǒng)上長(zhǎng)擴(kuò)增子測(cè)序的長(zhǎng)讀取改進(jìn)。這將改善定向測(cè)序和16S/18S rRNA宏基因組應(yīng)用的測(cè)序結(jié)果。
GS FLX+ system是羅氏旗下454生命科學(xué)推出的一款升級(jí)版測(cè)序儀，該儀器能夠產(chǎn)生高達(dá)1,000 bp的測(cè)序讀長(zhǎng)，接近傳統(tǒng)的毛細(xì)管電泳測(cè)序法，使高通量測(cè)序技術(shù)達(dá)到了與Sanger測(cè)序相當(dāng)?shù)臏?zhǔn)確性和讀長(zhǎng)。讀長(zhǎng)的改善也使得測(cè)序通量提高到接近1Gb，從而降低了大型測(cè)序項(xiàng)目的測(cè)序成本。
今年，454測(cè)序儀參與了多個(gè)物種的基因組圖譜繪制，包括香蕉、西紅柿、靈芝、甜瓜、蝴蝶、倭黑猩猩等，它也協(xié)助研究人員對(duì)超級(jí)細(xì)菌的傳播途徑及其耐藥性突變的進(jìn)化進(jìn)行了追蹤。
羅氏公司近日宣布推出一款新的軟件包（v2.8），能顯著改善其GS FLX+系統(tǒng)上長(zhǎng)讀取鳥(niǎo)槍法測(cè)序的性能。這一測(cè)序平臺(tái)能帶來(lái)百萬(wàn)個(gè)讀取，其讀長(zhǎng)超過(guò)1000 bp。此次改進(jìn)將讓研究人員發(fā)現(xiàn)更多復(fù)雜的遺傳變異，并揭開(kāi)隱藏在基因組、轉(zhuǎn)錄組和宏基因組樣品中難以測(cè)序的區(qū)域下的生物學(xué)秘密。
羅氏測(cè)序解決方案的總裁Thomas Schinecker表示：“此次最新的軟件發(fā)布代表了GS FLX+ 系統(tǒng)的長(zhǎng)讀取性能在滿足客戶的預(yù)期上又向前邁進(jìn)了一大步。全世界30多個(gè)頂尖的測(cè)序?qū)嶒?yàn)室正在使用我們的新軟件，他們的反饋非常好。”
自GS FLX+系統(tǒng)上市以來(lái)，研究人員已經(jīng)證實(shí)了超長(zhǎng)讀取的價(jià)值，能帶來(lái)更完整的全基因組de novo組裝，出色的全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組分析，以及更好的宏基因組樣品鑒定。新軟件將進(jìn)一步改善這些應(yīng)用的測(cè)序結(jié)果，并為454測(cè)序系統(tǒng)的生物信息學(xué)工具帶來(lái)新的功能改進(jìn)。
RIKEN Omics科學(xué)中心和橫濱市立大學(xué)KIHARA生物研究所的Hiroshi Tarui談道：“我們實(shí)驗(yàn)室利用最新的GS FLX+軟件體驗(yàn)了很棒的結(jié)果。所有測(cè)序指標(biāo)，包括讀長(zhǎng)，都超出了我們的預(yù)期。我們正利用此平臺(tái)開(kāi)展de novo轉(zhuǎn)錄組研究，而長(zhǎng)讀取對(duì)cDNA轉(zhuǎn)錄本的全長(zhǎng)組裝和剪接變體研究很關(guān)鍵。
德國(guó)馬普研究所測(cè)序核心實(shí)驗(yàn)室的主管Bernd Timmermann則表示：“我們的GS FLX+系統(tǒng)正廣泛用于不同煙草株的de novo測(cè)序項(xiàng)目，它實(shí)現(xiàn)了約820 bp的讀長(zhǎng)，而一些運(yùn)行的產(chǎn)量也超過(guò)1 Gb。隨著升級(jí)到v2.8軟件，我們看到所有情況下的平均讀長(zhǎng)均有所改善。在未來(lái)的de novo測(cè)序和宏基因組項(xiàng)目中，我們將繼續(xù)使用GS FLX+系統(tǒng)。”
羅氏還計(jì)劃推出針對(duì)GS FLX+系統(tǒng)上長(zhǎng)擴(kuò)增子測(cè)序的長(zhǎng)讀取改進(jìn)。這將改善定向測(cè)序和16S/18S rRNA宏基因組應(yīng)用的測(cè)序結(jié)果。
GS FLX+ system是羅氏旗下454生命科學(xué)推出的一款升級(jí)版測(cè)序儀，該儀器能夠產(chǎn)生高達(dá)1,000 bp的測(cè)序讀長(zhǎng)，接近傳統(tǒng)的毛細(xì)管電泳測(cè)序法，使高通量測(cè)序技術(shù)達(dá)到了與Sanger測(cè)序相當(dāng)?shù)臏?zhǔn)確性和讀長(zhǎng)。讀長(zhǎng)的改善也使得測(cè)序通量提高到接近1Gb，從而降低了大型測(cè)序項(xiàng)目的測(cè)序成本。
今年，454測(cè)序儀參與了多個(gè)物種的基因組圖譜繪制，包括香蕉、西紅柿、靈芝、甜瓜、蝴蝶、倭黑猩猩等，它也協(xié)助研究人員對(duì)超級(jí)細(xì)菌的傳播途徑及其耐藥性突變的進(jìn)化進(jìn)行了追蹤。
